不動産購入後に判明した市街化調整区域の「分家住宅」という制限は、資産価値に直結する極めて重大な事実です。まず、不動産売買における重要事項説明義務違反の可能性を検討する必要があります。時効については、契約不適合責任（旧瑕疵担保責任）の期間制限（引渡しから10年）は経過していますが、不法行為による損害賠償請求（不法行為時から20年）も同様に経過している可能性が高いです。しかし、購入時の重要事項説明に「本来の宅地ではない」という点に関する虚偽や重大な説明不足があった場合、不動産業者の宅建業法違反を追及する余地や、錯誤取消の法理を援用できるか弁護士と協議すべきです。行政指導課との争いについては、既存住宅の存続は可能ですが、用途変更の緩和要件は自治体の条例により極めて厳格に規定されており、個人の事情での変更は原則として困難です。現実的には、「既存宅地」としての活用可能性の再調査、近隣の土地を含めた大規模開発要件への該当可否を確認しつつ、売却が不可能な場合の遺産分割や維持管理コストの試算を行い、相続人となるご家族に資産価値を正しく伝えることが最優先です。行政を相手取った争訟は勝算が極めて低いため、まずは地域の都市計画に精通した不動産コンサルタントや弁護士を通じ、例外的な運用可能性（農家住宅としての引継ぎ等）が残されていないか多角的に検証することをお勧めします。

不動産売買における「瑕疵担保責任」は、民法改正により現在は「契約不適合責任」という名称に変わり、買主が目的物に対して契約内容と異なる点がある場合に、追完請求、代金減額請求、解除、損害賠償を求めることができる権利です。一般個人が売主となる場合、この責任を「免責（負わない）」とすることは特約で可能です。ご質問にある「削除して何年も請求される」という懸念については、契約書で「免責」や「期間制限（引き渡しから1〜3ヶ月など）」を明確に定めることで回避できます。「現況有姿」とは現在の状態で引き渡すことを意味しますが、契約上の責任が免除されるわけではないため、必ず書面で「契約不適合責任を負わない」という特約を明記させることが肝要です。もし不動産会社が曖昧な回答しかしない場合は、契約実務に明るい別の仲介業者を探すか、売却時の重要事項説明に詳しい行政書士や弁護士のリーガルチェックを受けることを強くお勧めします。正直な告知を行った上で、契約書に免責条項を盛り込むことが、最も安全かつ合理的な売却プロセスです。

隣地所有者や工務店による境界侵食は、明らかな権利侵害です。法務局の公図だけで納得せず、まずは「土地家屋調査士」へ相談し、地積測量図の照合と現地調査を依頼してください。工務店が杭を抜いた行為は証拠隠滅の可能性もあり、極めて悪質です。対応の第一歩として、侵食箇所の写真や過去の図面等の証拠を保全しつつ、内容証明郵便で「境界確定および原状回復の要求」を工務店へ送付しましょう。相手が拒絶する場合は弁護士を通じた調停や訴訟が視野に入りますが、まずは専門家による境界確定測量を行うことが、相手に対する最も強力な牽制となります。泣き寝入りせず、客観的証拠を積み上げることで、不法な占有を撤回させる可能性を追求すべきです。

結論から申し上げますと、孤独死の事実を故意に隠蔽して売却することは、非常に高い法的・経済的リスクを伴うため避けるべきです。不動産取引には「告知義務」が存在し、心理的瑕疵（買主が心理的な抵抗を感じるような事由）を隠して売却した場合、契約不適合責任を問われる可能性があります。孤独死が近隣住民に周知されている状況であれば、購入後に近隣との会話や周辺情報から事実が露見することは避けられません。発覚した場合、買主から契約解除、損害賠償請求、あるいは売買代金の減額請求を受けるリスクがあり、結果として「隠して売る」ことよりも遥かに大きな経済的損失を被ることになります。適正な告知を行った上で、瑕疵の内容に応じた適正価格で売却することが、結果的に最も損害を最小化し、売主としての責任を果たす近道です。

不動産の売買契約において、給排水管やガス管といったライフラインの埋設位置は、将来の建替えや土地売却の価値を左右する極めて重要な要素です。重要事項説明書に記載された図面と実際の状況が異なり、それが他人の所有地を通っている場合、本来であれば売主や仲介業者から契約前に説明されるべき「瑕疵（欠陥）」に該当する可能性があります。

まず行うべきは、当時の契約書類一式の精査と、現況の確定です。水道局やガス会社で発行される「配管図（埋設管図面）」を取得し、実際の埋設ルートが隣地を通過していることを公的なデータとして証明できるようにしてください。その上で、売主が宅地建物取引業者であった場合、重要事項説明義務違反（宅地建物取引業法第35条）や契約不適合責任（民法第562条以下）を追及できる可能性があります。

ただし、契約から長期間が経過している場合、時効や責任追及の難易度が上がります。まずは弁護士や不動産コンサルタントといった専門家を交え、当時の契約内容を確認し、現在の隣地所有者との間で「配管利用に関する覚書（地役権設定など）」を締結できるか、あるいは売主に法的責任をどこまで問えるかの見極めを行うことが、資産価値を守るための標準的なステップとなります。

隣地所有者からの突然の弁護士介入や、不動産売買の持ちかけに困惑されるケースは少なくありません。まず重要なのは「相手の要求をすべて飲む義務はない」という点です。今回のトラブル解決に向けた標準的なステップを解説します。

1. 買取り要求の拒絶：不要な土地や建物を買い取る義務は一切ありません。売買に応じられない旨を毅然と伝える必要があります。相手が「税金」などを引き合いに出しても、それは売買を前提とした話であり、拒否すれば関係のない議論です。

2. 境界確定の正当な主張：過去の経過（境界標の有無や当時の地主の経緯）を整理した資料を準備してください。必要であれば土地家屋調査士に依頼し、法的に正しい境界を確定させる手続きを進めるのが最も安全かつ確実な防御策となります。

3. 不法占拠・未払賃料の請求：長年、無断使用されていた事実があれば、それは不法占拠にあたる可能性があります。過去の年貢（地代）については時効の検討が必要ですが、現状の不法状態を放置せず、使用料の支払いや原状回復を求める内容証明郵便の送付を検討してください。

4. 専門家への相談：弁護士が出てきた場合、ご自身だけで対応すると不利な条件で合意させられる恐れがあります。まずは境界問題に強い土地家屋調査士、あるいは不動産トラブルに精通した弁護士に代理交渉を依頼し、窓口を一本化することをお勧めします。感情論を排し、書面と事実に基いて淡々と交渉を進めることが解決の鍵です。

不動産取引において、隣地からの木の枝や根が越境している場合、法的には「枝の切除」や「根の切除」を隣地所有者に請求する権利（民法第233条）があります。しかし、その「費用」をどちらが負担するかについては、原則として当事者間の合意に委ねられます。今回のケースにおいて、土地を購入する側が伐採費用を請求できるかどうかは、売買契約の「契約不適合責任」の範囲と、隣地所有者との事前交渉が鍵となります。もし購入時の重要事項説明や契約書で「現状有姿（現状渡し）」が条件とされている場合、購入後に発覚した樹木等の除去費用は買主負担となるのが不動産取引の実務上の標準です。一方で、隣地所有者に費用負担を求める場合は、単なるお願いではなく、越境状態が放置された場合の権利関係（将来的な損害賠償請求の可能性など）を冷静に伝え、複数社からの相見積もりを提示して「妥当な金額」を提示し、誠実に交渉することが肝要です。トラブルを未然に防ぐため、まずは購入予定の仲介業者を通じ、売買契約の締結前に「越境解消」を特約事項として盛り込めないか相談し、書面で合意を得ることを推奨します。